La Unidad Académica Santa Cruz comprometida con el desarrollo científico al servicio de la sociedad boliviana cuenta con dos unidades de investigación en el área de salud: Instituto de investigación en Medicina conformado el año 2012, con más de 6 años de experiencia en proyectos de investigación en el área de enfermedades infecciosas y otros, y la carrea de Odontología, que cuanta con una gran cantidad de producción científica en torno a rehabilitación oral y otras temáticas abordadas desde la clínica odontológica. La participación en investigación de estudiantes de pre grado es fundamental, la misma se ve reflejada y conglomerada en dos sociedades científicas: Sociedad Científica de Estudiantes de Medicina y la Sociedad Científica de estudiantes de Odontología.